Secondo anno di Bigon. I nuovi Galli, Venturin, Incocciati e Silenzi. Si parte con 8 punti nelle prime 10 partite. Maradona alle prese con i suoi problemi segna solo sei rigori. Positivo al controllo contro il Bari (17 Marzo 1991), gioca l'ultima partita la domenica successiva sul campo della Sampdoria. Lascia Napoli dopo 7 anni e 2 scudetti.

Girone d'andata pessimo: 15 punti. Gli azzurri si rifanno nel ritorno (22 punti). Zola prende l'eredità di Maradona ed è decisivo in più di una partita. In testa la lotta è tra Milan, Inter e Sampdoria. Il Napoli è staccatissimo: -9 dall'Inter alla fine del girone d'andata, -14 dalla Samp di Vialli e Mancini allenata da Boskov, campione d'Italia.

In Coppa dei Campioni, fuori al secondo turno, ai rigori, contro lo Spartak Mosca. In Coppa Italia la squadra si ferma in semifinale con la Sampdoria. Unica gioia della stagione il successo estivo in Supercoppa Italiana contro i rivali della Juventus (5-1).