Il Napoli ha partecipato alla Coppa Intertoto per 1 stagione, senza mai vincere questo trofeo. Dal 1961 al 2008 gli azzurri hanno giocato in questa competizione 2 partite, ottenendo 2 vittorie, nessun pareggio e nessuna sconfitta. In totale 2 gol fatti e nessun gol subito.