Il secondo anno di Benitez comincia con il rientro dal prestito di Reina e gli addii di Pandev e degli Svizzeri Dzemaili e Behrami. In porta arriva Andujar dal Catania, arrivano Koulibaly dal Genk, De Guzman dal Villarreal e gli Spagnoli Lopez e Michu.

Inizia la stagione e il Napoli non riesce a superare il play-off di Champions League, venendo sconfitto dall'Athletic Bilbao con il punteggio complessivo di 4-2. Il mancato accesso alla fase a gironi comporta il ripescaggio in Europa League.

L'avvio del campionato non è favorevole alla squadra di Benitez, che perde contro il Chievo e l'Udinese. Gli azzzurri riescono pero' ad agguantare il 6 posto e poi il 3 al giro di boa. Nel frattempo a Doha il Napoli ottiene la sua seconda Supercoppa Italiana vincendo ai rigori contro la Juventus.

Il tragitto in Europa League e' promettente. Dopo un girone vinto, gli azzurri eliminano nell'ordine Trabzonspor ai sedicesimi, Dinamo Mosca agli ottavi e Wolfsburg nei quarti. Ad attenderli in semifinale il Dnipro, che all'andata pareggia con un gol in fuorigioco: la sconfitta di misura nel ritorno spegne i sogni di gloria, ad un passo dal traguardo.

Il girone di ritorno conferma la non esaltante stagione azzurra, arrivando all'ultima giornata con lo scontro diretto contro la Lazio per guadagnare il terzo posto. Gli azzurri perdono dopo un rigore decisivo sbagliato da Higuain e finiscono il campionato quinti superati anche dalla Fiorentina.